MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pSLT_SL1344

Total Repeats: 1575

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017720	CG	3	6	42	47	0 %	0 %	50 %	50 %	386730660
2	NC_017720	TTC	2	6	108	113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730660
3	NC_017720	TG	3	6	233	238	0 %	50 %	50 %	0 %	386730660
4	NC_017720	CACG	2	8	281	288	25 %	0 %	25 %	50 %	386730660
5	NC_017720	CCA	2	6	333	338	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730660
6	NC_017720	TCC	2	6	361	366	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730660
7	NC_017720	ACTG	2	8	367	374	25 %	25 %	25 %	25 %	386730660
8	NC_017720	T	8	8	414	421	0 %	100 %	0 %	0 %	386730660
9	NC_017720	CAGC	2	8	452	459	25 %	0 %	25 %	50 %	386730660
10	NC_017720	TTC	2	6	466	471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730660
11	NC_017720	GTG	2	6	490	495	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730660
12	NC_017720	TAA	2	6	500	505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386730660
13	NC_017720	A	6	6	691	696	100 %	0 %	0 %	0 %	386730661
14	NC_017720	CCG	2	6	779	784	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730661
15	NC_017720	CCA	2	6	821	826	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730661
16	NC_017720	AGGC	2	8	829	836	25 %	0 %	50 %	25 %	386730661
17	NC_017720	TTC	2	6	852	857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730661
18	NC_017720	ACCAGC	2	12	892	903	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386730661
19	NC_017720	CAG	2	6	951	956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730661
20	NC_017720	GCT	2	6	989	994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730661
21	NC_017720	CAC	2	6	997	1002	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730661
22	NC_017720	CCA	2	6	1250	1255	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730661
23	NC_017720	CAG	3	9	1257	1265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730661
24	NC_017720	TGA	2	6	1277	1282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730661
25	NC_017720	TC	3	6	1285	1290	0 %	50 %	0 %	50 %	386730661
26	NC_017720	CAG	2	6	1308	1313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730661
27	NC_017720	CTG	2	6	1456	1461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
28	NC_017720	GCA	2	6	1530	1535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
29	NC_017720	TCC	2	6	1625	1630	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730662
30	NC_017720	CGG	2	6	1694	1699	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730662
31	NC_017720	CTGC	2	8	1710	1717	0 %	25 %	25 %	50 %	386730662
32	NC_017720	GCC	2	6	1804	1809	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730662
33	NC_017720	CAC	3	9	1855	1863	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730662
34	NC_017720	CCAG	2	8	1913	1920	25 %	0 %	25 %	50 %	386730662
35	NC_017720	CGG	2	6	2052	2057	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730662
36	NC_017720	GCA	2	6	2166	2171	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
37	NC_017720	CGGC	2	8	2177	2184	0 %	0 %	50 %	50 %	386730662
38	NC_017720	TCA	2	6	2232	2237	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730662
39	NC_017720	AACCC	2	10	2308	2317	40 %	0 %	0 %	60 %	386730662
40	NC_017720	GTC	2	6	2323	2328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
41	NC_017720	TGC	2	6	2345	2350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
42	NC_017720	CAC	2	6	2521	2526	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730662
43	NC_017720	CCG	2	6	2571	2576	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730662
44	NC_017720	GCT	2	6	2696	2701	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
45	NC_017720	G	6	6	2706	2711	0 %	0 %	100 %	0 %	386730662
46	NC_017720	TCC	2	6	2759	2764	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730662
47	NC_017720	CCA	2	6	2799	2804	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730662
48	NC_017720	GGT	2	6	2872	2877	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730662
49	NC_017720	CTG	2	6	2896	2901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
50	NC_017720	CCT	2	6	3081	3086	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730662
51	NC_017720	ATG	2	6	3284	3289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730662
52	NC_017720	CTG	2	6	3313	3318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
53	NC_017720	ACC	3	9	3385	3393	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730662
54	NC_017720	CCA	2	6	3435	3440	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730662
55	NC_017720	TCA	2	6	3449	3454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730662
56	NC_017720	AGG	2	6	3455	3460	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386730662
57	NC_017720	CGCTG	2	10	3492	3501	0 %	20 %	40 %	40 %	386730662
58	NC_017720	GGTC	2	8	3583	3590	0 %	25 %	50 %	25 %	386730662
59	NC_017720	ACG	2	6	3599	3604	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
60	NC_017720	GCA	2	6	3624	3629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
61	NC_017720	GGT	2	6	3661	3666	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730662
62	NC_017720	TTTCG	2	10	3709	3718	0 %	60 %	20 %	20 %	386730662
63	NC_017720	GGC	2	6	3733	3738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730662
64	NC_017720	CCT	2	6	3804	3809	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730662
65	NC_017720	ATG	2	6	3823	3828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730662
66	NC_017720	ACG	2	6	3852	3857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
67	NC_017720	CAG	2	6	3868	3873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
68	NC_017720	CCACAT	2	12	3894	3905	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386730662
69	NC_017720	GCA	2	6	3974	3979	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
70	NC_017720	CAG	2	6	3997	4002	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
71	NC_017720	CTGA	2	8	4009	4016	25 %	25 %	25 %	25 %	386730662
72	NC_017720	CCA	2	6	4035	4040	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730662
73	NC_017720	CTG	2	6	4063	4068	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
74	NC_017720	GGC	2	6	4095	4100	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730662
75	NC_017720	CAG	2	6	4188	4193	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
76	NC_017720	TG	3	6	4280	4285	0 %	50 %	50 %	0 %	386730662
77	NC_017720	ACCGTC	2	12	4415	4426	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386730662
78	NC_017720	TCT	2	6	4533	4538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730662
79	NC_017720	CTG	2	6	4559	4564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
80	NC_017720	TC	3	6	4593	4598	0 %	50 %	0 %	50 %	386730662
81	NC_017720	CCAG	2	8	4743	4750	25 %	0 %	25 %	50 %	386730662
82	NC_017720	TCA	2	6	4767	4772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730662
83	NC_017720	CTG	2	6	4780	4785	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
84	NC_017720	ATC	2	6	4820	4825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730662
85	NC_017720	CT	3	6	4871	4876	0 %	50 %	0 %	50 %	386730662
86	NC_017720	TCCGG	2	10	4932	4941	0 %	20 %	40 %	40 %	386730662
87	NC_017720	CTG	2	6	4966	4971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
88	NC_017720	CCTGC	2	10	4972	4981	0 %	20 %	20 %	60 %	386730662
89	NC_017720	CCT	2	6	5004	5009	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730662
90	NC_017720	GC	3	6	5022	5027	0 %	0 %	50 %	50 %	386730662
91	NC_017720	CGCGC	2	10	5081	5090	0 %	0 %	40 %	60 %	386730662
92	NC_017720	CAG	2	6	5095	5100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
93	NC_017720	CCT	2	6	5175	5180	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730662
94	NC_017720	GAC	2	6	5187	5192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
95	NC_017720	CGG	2	6	5249	5254	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730662
96	NC_017720	AAT	2	6	5263	5268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386730662
97	NC_017720	CAT	2	6	5296	5301	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730662
98	NC_017720	CCCGCT	2	12	5316	5327	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386730662
99	NC_017720	GCA	2	6	5333	5338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730662
100	NC_017720	GCT	2	6	5470	5475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
101	NC_017720	GACA	2	8	5485	5492	50 %	0 %	25 %	25 %	386730662
102	NC_017720	GCT	2	6	5553	5558	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
103	NC_017720	TCA	2	6	5573	5578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730662
104	NC_017720	CCCGG	2	10	5581	5590	0 %	0 %	40 %	60 %	386730662
105	NC_017720	CGG	2	6	5614	5619	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730662
106	NC_017720	CTG	2	6	5707	5712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
107	NC_017720	GCT	2	6	5721	5726	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
108	NC_017720	TGC	2	6	5746	5751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
109	NC_017720	CCGC	2	8	5760	5767	0 %	0 %	25 %	75 %	386730662
110	NC_017720	GCC	2	6	5885	5890	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730662
111	NC_017720	TCC	2	6	5915	5920	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730662
112	NC_017720	CG	3	6	6052	6057	0 %	0 %	50 %	50 %	386730662
113	NC_017720	GCT	2	6	6127	6132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
114	NC_017720	TGC	2	6	6155	6160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
115	NC_017720	ACC	2	6	6170	6175	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730662
116	NC_017720	GTCC	2	8	6270	6277	0 %	25 %	25 %	50 %	386730662
117	NC_017720	TCA	2	6	6279	6284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730662
118	NC_017720	TGG	2	6	6288	6293	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730662
119	NC_017720	TG	3	6	6339	6344	0 %	50 %	50 %	0 %	386730662
120	NC_017720	TCAG	2	8	6347	6354	25 %	25 %	25 %	25 %	386730662
121	NC_017720	GCC	2	6	6439	6444	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730662
122	NC_017720	CTG	2	6	6448	6453	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
123	NC_017720	CCT	2	6	6507	6512	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730662
124	NC_017720	GCT	2	6	6537	6542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
125	NC_017720	TGC	2	6	6573	6578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730662
126	NC_017720	GTA	2	6	6586	6591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730662
127	NC_017720	TAA	2	6	6608	6613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386730662
128	NC_017720	CGG	2	6	6615	6620	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730662
129	NC_017720	CCG	2	6	6627	6632	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730662
130	NC_017720	TCA	2	6	6651	6656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730662
131	NC_017720	AGG	2	6	6727	6732	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386730663
132	NC_017720	ATG	2	6	6736	6741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730663
133	NC_017720	GCCG	2	8	6861	6868	0 %	0 %	50 %	50 %	386730663
134	NC_017720	AAC	2	6	6898	6903	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730663
135	NC_017720	AAC	2	6	6932	6937	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730663
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137	NC_017720	A	6	6	7108	7113	100 %	0 %	0 %	0 %	386730663
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140	NC_017720	GCCG	2	8	7187	7194	0 %	0 %	50 %	50 %	386730663
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263	NC_017720	CAC	2	6	12833	12838	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730667
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391	NC_017720	CAC	2	6	19022	19027	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730673
392	NC_017720	CGG	2	6	19028	19033	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730673
393	NC_017720	CCTG	2	8	19732	19739	0 %	25 %	25 %	50 %	386730674
394	NC_017720	CGG	2	6	19747	19752	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730674
395	NC_017720	ACC	2	6	19824	19829	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730674
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397	NC_017720	TTCAG	2	10	20169	20178	20 %	40 %	20 %	20 %	386730674
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399	NC_017720	TGC	2	6	20217	20222	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730674
400	NC_017720	CCG	2	6	20259	20264	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730674
401	NC_017720	TATTT	2	10	20307	20316	20 %	80 %	0 %	0 %	386730674
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420	NC_017720	CGTC	2	8	21348	21355	0 %	25 %	25 %	50 %	386730676
421	NC_017720	GCG	3	9	21408	21416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730676
422	NC_017720	CAG	2	6	21515	21520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730676
423	NC_017720	CAG	2	6	21592	21597	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730676
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